La storia del Complesso monumentale del Priamàr è strettamente legata a quella del promontorio di cui occupa una posizione strategica per il controllo dell'alto Tirreno e dello sbocco a mare delle valli comprese tra Capo Vado e Capo Torre, presso Albisola. Questa favorevole posizione venne sfruttata già dai Liguri Sabazi che, tra l'età del Bronzo e l'età del Ferro, vi eressero il proprio oppidum (testimoniato da tracce di capanne) e intrattennero rapporti commerciali con gli Etruschi ed i Greci di Marsiglia e Magna Grecia. Dopo aver dato asilo nel 205 a.C. a Magone, fratello di Annibale, nella guerra punica contro Roma e Genova, il sito savonese riacquistò un ruolo chiave nel tardo impero, soppiantando Vada Sabatia che aveva conosciuto miglior fortuna tra II sec. a.C. e III sec. d.C.

Dal IV sec., epoca a cui risale la necropoli tardo romana, in parte ancora visibile negli ambienti del Palazzo della Loggia, il nucleo del Priamàr accrebbe la propria importanza divenendo uno dei centri di controllo della Provincia Maritima Italorum: dalla sommità del colle l'abitato si espanse verso la sottostante piana, circondato da una cinta muraria.

Durante l'alto medioevo, nella parte meridionale del colle venne edificata la Cattedrale e Savona, sotto re Berengario II, divenne capitale della Marca Aleramica.

Nel corso dell'anno 1000, a seguito di trasformazioni politiche - l'affermazione del potere vescovile- ed economiche - la formazione di un ceto medio di homines maiores dediti al commercio e quindi più propensi ad un abitato in pianura, presso il mare- la città risultò articolata in castrum (Priamàr) , civitas e burgus. Così, il colle fu isolato progressivamente dalla vita attiva della città rimanendo piuttosto la sede dell'attività religiosa, con la cattedrale, e politica, con il Palazzo del Capitolo.

A partire dal 1213 Genova impose, nella zona centrale del Priamàr, un primo apparato fortificato a controllo della città rivale, il Castello di S. Maria, poi Castello Nuovo, che con gli ampliamenti quattrocenteschi cancellerà progressivamente le case private e le torri gentilizie. A sud, invece, perduravano la Cattedrale ed il Complesso vescovile, oggetto di restauri tra metà '400 e inizi '500 voluti dai papi Sisto IV e Giulio II.

Nel 1528, con la definitiva sottomissione di Savona, Genova vi impose la costruzione di una fortezza imponente: dopo le rapide distruzioni avviate nel 1542, essa venne costruita in soli otto mesi. La struttura militare (su progetto di G.M. Olgiati), utilizzando il naturale dislivello tra l'area della Cattedrale e quella del Castello Nuovo, prevedeva due vere zone separate: la prima, il Maschio, più elevata ed internamente cinta di mura, dominava la seconda, la Cittadella, da cui era separata tramite la Cortina dello Stendardo ed il Fossato del Maschio.

Altre importanti trasformazioni, dettate da esigenze militari, determinarono, tra il 1591 ed il 1610, la sistemazione dell'area della Cittadella e l'apertura del relativo fossato, e nel 1686 la realizzazione di un complesso sistema difensivo a bastioni che proteggesse ad est, nord ed ovest, la fortezza cinquecentesca.

Nel '700 essa fu ancora teatro delle lotte con gli eserciti austro - piemontesi e napoleonici.

Nel 1815, con l'annessione della Liguria al Piemonte, la fortezza venne destinata a bagno penale (1820) e reclusorio militare (1848).

Verso la fine del XIX sec., la riconversione di parte dell'area a scopi industriali portò allo spianamento di parte dei bastioni e degli spalti.